Сразу нужно отметить, что вам нужна редакция "Бизнес", потому что только на ней можно создавать больше одного типа цен.
Повторяю! Нет такой кнопки "Новый тип цен" как на скрине, цены будет не разделить.
Настройка и хранение цен
- Сначала создаём разные типы цен на странице Магазин -> Настройки -> Цены -> Типы цен.
- Затем создаём свойство "Тип цены" (PRICE_CODE) в инфоблоке регионов.
Внимание! Свойство должно быть множественным.
- Выбираем нужные коды цен со той же страницы Магазин -> Настройки -> Цены -> Типы цен. На скрине показано нагляднее откуда брать эти коды
- Прописываем регионам нужные типы цен. Например, на скрине мы указываем региону тип цены с кодом "MSK"
- Затем указываем это свойство как свойство отвечающее за цены в настройках модуля
- Для тестов выберите какой-нибудь товар и укажите для него разные цены.
Быстрое задание цен в регионах
В нашем модуле подготовлена специальная страница "Цены в регионах". С помощью неё можно быстро задать товарам разные цены на основании других цен. Например, на скрине ниже показано задание региональной цены "Москва" как 1.1 от базовой цены, то есть 10% наценки для Москвы.

Показ цен
- В подключении компонентов "bitrix:catalog.section" (список товаров) и "bitrix:catalog.element" (детальная товара) или же просто "bitrix:catalog" (в зависимости от того, какой у вас выводит товары) в поле "PRICE_CODE" подставьте значение "$_SESSION["VREGIONS_REGION"]["PRICE_CODE"]" (внимание php-код). Эта переменная у нас теперь хранит код типа цены.
Если у вас очень сложный и запутанный сайт, попросите разработчиков шаблона сделать это.
- Посмотрите на товар в двух разных регионах.
- Цена должна меняться.
Покупка по разной цене
Если вы заметили, что товар попадает в корзину только по наименьшей из цен, а не берёт нужную, значит вы пропустили шаг с настрйками модуля.
Зайдите в настройки модуля регионов (Настройки -> Настройки модулей -> Регионы продаж) и выберите в параметре "Свойство для хранения кода цены" созданное для хранения цены свойство и модуль подключит всё необходимое для обработки покупок.
Инструкция подготовлена для более менее неплохо и популярно спроектированных сайтов. Если у вас что-то не работает или вы знаете, что такая схема не заработает в вашем случае, адаптируйте её под свои реалии, сохраняя общие принципы.